A día de hoy el diagnóstico de la Encefalitis Espongiforme Bovina en el animal vivo sólo puede realizarse mediante la observación de los síntomas clínicos de la enfermedad.
La presencia de una encefalopatía subaguda que no sea un proceso infeccioso o tumoral lleva a una suposición, pero no conduce nunca a un diagnóstico cierto. No existe ninguna anomalía bioquímica o celular, en la sangre o en el líquido cefalorraquídeo, en los animales infectados en fase de incubación e incluso con los síntomas . Por eso, por el momento, es imposible realizar un diagnóstico certero en el animal vivo pues para realizarlo serían necesarias muestras de tejidos (generalmente del cerebro) imposibles de obtener.

Los métodos de confirmación de la enfermedad se pueden agrupar en tres grupos:

- el diagnóstico histológico que consiste en evidenciar ciertas lesiones características de la enfermedad. Es el método más fiable si la muestra está en perfecto estado de conservación pero poco práctico por lo complicado de la técnica.

-puede realizarse un diagnóstico experimental que consiste en tratar de transmitir la enfermedad a un animal de laboratorio por inoculación de tejido sospechoso. Es un buen método pero la obtención de resultados puede demorarse hasta 2 años.

-el diagnóstico bioquímico trata de poner en evidencia la forma anormal del prión mediante las técnicas Western Blot o Elisa. El diagnóstico bioquímico resulta el más interesante a la hora de establecer una campaña de lucha contra la enfermedad por su rapidez y por las posibilidades de automatización ya que además de los métodos tradicionales de análisis (más lentos pero más seguros) existen "test rápidos" que pueden ser realizados con menos medios laboratoriales.

A modo de recuerdo sobre el agente causal de la BSE diremos que en todas las encefalopatías espongiformes se encuentra un acúmulo en el sistema nervioso central de la versión anormal de una proteína (llamada PrPsc que son las iniciales de "proteína prión scrapie") que es la variante de otra proteína(llamada PrPc que son las iniciales de"proteína prión celular") que está normalmente presente en la superficie de las células sanas.
Estas dos proteínas son muy parecidas, pues tienen la misma cadena de aminoácidos, pero se diferencian en su forma tridimensional.
La hipótesis que prevalece hoy en día es que el contacto de la "proteína enferma", después del consumo de alimentos infectados, con la "proteína sana" provoca la transformación de ésta última en PrPsc. Posteriormente esta transformará a las PrPc vecinas apareciendo posteriormente las lesiones típicas.
La similitud entre ambas es proteínas es tal que no pueden ser distinguidas por los anticuerpos que pueden unirse indiferentemente a las dos proteínas. La única diferencia existente es que la PrPsc resiste la digestión de una enzima llamada proteinasa K mientras que la PrPc no la resiste.

1. Principios generales de los test rápidos usados actualmente.

A una muestra de tejido cerebral se le añade la proteinasa K. Esta enzima elimina la forma normal de la proteína y sólo quedaría, en el caso de que el animal tuviese la enfermedad, la proteína anormal. A continuación se pone en contacto la muestra con anticuerpos antiproteína que son capaces de ligarse a las dos formas de Pr y a partir de aquí se pueden usar dos métodos para evidenciar la presencia de PrPsc ligada a los anticuerpos:
- Western Blot que usa un gel de elctroforesis
- Elisa que lee los resultados por espectrofotometría

2. Test disponibles actualmente:

Los tres principales son:
- Biorad desarrollado en Francia por el Comisariado de la Energía Atómica, utiliza la técnica Elisa y da los resultados en 6 u 8 horas.
- Prionics desarrollado en Suiza por el laboratorio del mismo nombre, usa la técnica Western Blot y muestra los resultados en 8 horas.
- Enfer creado en Irlanda por Enfer Scientifics, basado en el Elisa y da los resultados en 4 horas.

El test Prionics es el seleccionado por la mayoría de los países de la UE para la realización de los estudios generalizados por varias razones:
- hay una experiencia previa en Suiza(y ahora en Francia) donde el test ha confirmado su elevada tasa de aciertos.
- es el test más fácilmente aplicable en la práctica en condiciones de trabajo no demasiado óptimas.

No obstante hay países que están usando otros, como el Biorad en Alemania; con excelentes resultados.

3.Animales positivos

A la hora de plantear una campaña de lucha contra la BSE se establecen unos criterios mínimos para considerar a una animal positivo.
En primer lugar se realiza un "test rápido" en el laboratorio de la zona donde se ha tomado la muestra; si el test resulta positivo se realiza un segundo análisis rápido en un laboratorio considerado como de "referencia" (el que en último término dictamina sobre la positividad o no del animal) y un test Western blot tradicional o un análisis histológico.
Se considera caso positivo cuando, al menos, un test rápido y uno tradicional son positivos. Cuando los test rápidos son positivos y no lo es el método tradicional se realiza un estudio más exhaustivo en las compañeras de establo según se vayan sacrificando.